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基于下一代测序的微卫星不稳定性的开发和分析验证

该测定法具有临床相关的五天周转时间,一次可处理多达20 ng的基因组DNA,批次大小可多达40个样品。

针对多种组织学的FFPE样品,评估了准确性,可重复性,精密度以及对照样品性能的分析性能,以解决分析前的变异性和分析变异性。

美国纽约州布法罗市OmniSeq Inc.的Sean T. Glenn博士,美国纽约州布法罗市罗斯韦尔公园综合癌症中心个性化医学中心,美国纽约州14263,罗斯韦尔公园综合癌症中心分子与细胞生物学系美国纽约州布法罗市(Buffalo)14263说,“微卫星不稳定性(MSI)是一种被充分描述的现象,其特征是被称为微卫星的DNA短重复区域的长度发生了变化。”

扩增后,手动检查每个微卫星的片段分析色谱图,以评估来自同一患者的肿瘤样品与正常样品之间的差异,以便确定每个微卫星的长度差异或所谓的不稳定性。

尽管CRA和EEM占了微卫星不稳定肿瘤的大多数,但微卫星不稳定性在其他各种肿瘤中的发生率较低,但发生率很高。

因此,由于难以获得正常组织导致周转时间不足或无法完成微卫星测试,正常DNA的需求会限制能够进行测试的患者数量。

尽管还有其他发表的研究使用NGS测试来评估MSI状态,以及使用常规片段分析而没有匹配正常值的研究,但作者开发了第一个敏捷NGS平台,该平台已获得临床实验室改进修正案的认证,并获得了纽约州临床实验室评估计划的批准使用新一代测序技术可用于患者的临床MSI测试,可在所有实体瘤中使用,而无需匹配的正常组织。

Glenn研究小组总结说:“总体而言,我们已经开发出了首个获得NYS-CLEP批准,经过分析验证的MSI分析,该分析需要最少的肿瘤DNA输入,而无需匹配的正常人,并且与组织学无关。”

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